Михаил Афанасьевич родился 3 октября 1897 года в селе Боготол.
Будущий учёный изначально не планировал заниматься агрономией, когда поступил на юридический факультет Томского университета и одновременно вольнослушателем на историко-философский факультет.
В 1919 году по семейным обстоятельствам Лисавенко отправляется в Ачинск. Там он на своем приусадебном участке начал заниматься любительскими опытами по селекции растений, а через 11 лет Михаилу Афанасьевичу предложили возглавить опорный пункт Мичуринского НИИ.
Михаил Афанасьевич возглавлял научно-исследовательскую работу по селекции и изучению плодовых и ягодных культур. На основе гибридизации им были созданы новые улучшенные сорта с высокой урожайностью, приспособленные к сибирским условиям. Всего было выведено 128 сортов яблонь, вишни, чёрной и красной смородины, крыжовника, малины и земляники. Лисавенко был инициатором введения в культуру черноплодной рябины и облепихи.
Доктор сельскохозяйственных наук 30 лет избирался депутатом Алтайского краевого и Барнаульского советов, был членом Всесоюзного и председателем краевого комитета защиты мира.
В 1967 году имя М. А. Лисавенко присвоено Алтайской опытной станции садоводства, а в 1973 году – созданному на её базе НИИ садоводства Сибири.
